本发明公开了一种棉花种子特异性表达启动子proGhGolS2及其应用，属于植物基因工程和分子生物学领域，该种子特异性ProGhGolS2启动子来源于棉花，与SEQ ID No.1所示的核苷酸序列具有90％以上同源性，且具有相同的启动子活性的序列。所述ProGhGolS2启动子用于驱动目的基因在种子萌发过程中特异表达，并且具有激素响应能力，能够提高目的基因在非生物胁迫下的适应能力，为通过基因工程手段培育强萌发势种质、实现以种子为生物反应器生产特定代谢物等方面具有重要应用价值。