本发明实施例提供一种储层非均质性评价方法、系统及存储介质，属于油气田开发技术领域。所述储层非均质性评价方法包括：获取目的储层的多个岩石样品的渗透率的数值序列，其中，所述数值序列按岩石样品的深度纵向分布；计算反映数值序列的数值差异的第一参数和反映数值序列的分布形态的不规则程度的第二参数；利用关联所述第一参数和第二参数得到的非均质性表征参数，评价储层的非均质性。本发明实施例将反映数值序列的数值差异的第一参数和反映数值序列的分布形态的不规则程度的第二参数结合，从渗透率的数值差异与数值序列的分布形态的不规则程度两个层面定量评价层内非均质性，从而提高了非均质性定量表征的合理性及精细程度。