本发明公开了一种高通量载网染色仪及其染色方法，其中染色仪包括载网储存板和密封件，载网储存板的顶面开设有若干相连通的存储槽，载网储存板还开设有均与存储槽相连通的进液/气口和出液/气口，密封件设置在载网储存板表面；存储槽用于存储载网，密封件覆盖若干存储槽的槽口使若干相连的存储槽相对密闭，通过向进液/气口排入染色液，以使若干存储槽充盈染色液对载网及其超薄切片进行染色，染色完成后染液从出液/气口排出，同时通过进液/气口以及出液/气口实现清洗和干燥操作。通过采用上述设置，能够在载网储存板中同时存储载网，并且对载网上的超薄切片进行染色，具有操作简便和节约成本的作用。