本申请公开一种基于三维地质模型的天然碱矿开采布井方法及系统，涉及天然碱矿开采领域，方法包括：建立目标矿区的地质数据库；基于地质数据库，采用建模软件构建目标矿区的三维地质模型；根据三维地质模型绘制目标矿区内的地质图件；基于地质图件，结合目标矿区的整体规划方案和当前开采状态，确定整体布井设计原则；根据整体布井设计原则，在满足井组设置条件的基础上，确定目标矿区内不同开采区域的井组形式和井组参数；基于所有开采区域的井组形式和井组参数，绘制各井组的钻井设计图件；根据所有井组的钻井设计图件对目标矿区内的天然碱矿实施布井开采。本申请提高了目标矿区内天然碱的开采效率。