本发明公开了一种基于数据分析的质谱仪分辨率提升方法及系统，涉及数据处理技术领域，包括训练一个分辨率因子模型；根据原始质谱图和原始碎片图确定待测化合物的基本信息，基于标准化合物的质谱图来确定原始质谱图的目标信噪比，并通过降噪手段对原始质谱图进行去噪处理；根据去噪后的原始质谱图和标准化合物的质谱图来确定基线参考区域；识别质谱图中的峰的各个特征，并通过峰特征来将重叠的峰进行分离，根据分辨率因子对所有的峰进行聚类分析；将数据维度超过维度阈值的一类峰进行降维处理。以此来减少或避免基线漂移造成的数据不一致。最终通过对重叠峰的分离、峰的聚类以及峰的降维处理来提高质谱仪的分辨率，保证了分辨率提升效率。