本发明提供了一种特高压并联电抗器的局放来源识别方法、系统和存储介质，该方法包括以下步骤：判断特高压并联电抗器中性点与隔离变压器二次侧之间的脉冲电流极性；根据脉冲电流极性，判断特高压并联电抗器的局部放电脉冲电流信号来源；分别依次向特高压并联电抗器的中性点和高压端注入标准方波；分别根据向中性点和高压端所注入的标准方波，获取对应的特高压并联电抗器中性点与隔离变压器二次侧之间的第一方波信号，以及中性点和高压端对应的套管电容与接地点之间所串联的检测阻抗的第二方波信号；识别特高压并联电抗器的局部放电脉冲电流信号来源于特高压并联电抗器或套管电容。本发明能够有效确定特高压并联电抗器的局放来源。