本发明公开了一种检测甜玉米籽粒gamma‑生育三烯酚含量的Zmhppd1基因及其应用，所述位点为甜玉米基因组5号染色体的86086906位置的InDel位点，多态性为‑/TAGAACAAGG；所述位点与4‑羟基苯基丙酮酸双加氧酶基因表达正相关进而影响gamma‑生育三烯酚含量。本发明基于4‑羟基苯基丙酮酸双加氧酶基因(Zmhppd1)位点开发的基于琼脂糖凝胶电泳技术的分子标记。可以快速完成基因型检测，具有成本低，操作简便，适合高通量检测。该位点将极大地促进高gamma‑生育三烯酚含量的甜玉米生物强化育种。本发明基于4‑羟基苯基丙酮酸双加氧酶基因位点可以快速完成基因型检测，具有成本低，操作简便，适合高通量检测，促进高gamma‑生育三烯酚含量的甜玉米生物强化育种。