本发明公开了一种主子站多频监测数据在线校核方法及系统，属于电力自动化技术领域。本发明提出的校验方法：首先，构建多频处理单元通信服务接口；其次，主站实时订阅站内多频监测数据；第三，主动召唤多频处理单元动态录波文件；第四，主子站多频监测数据一致性校核。以站内多频监测数据作为主子站在线校核的合格数据源，实现子站与多个主站之间多频监测数据并行在线比对校核。本方法率先突破面向不停电场景下子站与多个主站之间多类型监测数据在线校核技术，避免间隔停运，实现多类型监测数据自动比对校核，校核数据类型全面，工作效率高，能够实现主子站多频监测数据的不停电自动校核，解决人工校核效率低下及校核数据类型不全面的问题。