一种变电站直流系统供电保护设计方法及系统，方法包括：采用隔离式DC‑DC变换器将储能系统中蓄电池分组接入直流母线；比较变电站直流系统各支路断路器的跳闸保护电流和隔离式DC‑DC变换器的短路电流大小，确定该支路的保护类型，进而构建变电站直流系统综合保护；根据母线电压跌落情况判断是否出现单体电池故障，当发生单体电池故障时，非故障组的隔离式DC‑DC变换器投入运行，同时发出报警信号提醒检修；实时监测支路内的电流状态，使用变电站直流系统综合保护根据电流状态判断并切除故障支路。本发明可控性强，可迅速切除短路故障保障了蓄电池组的安全，并能避免由于隔离式DC‑DC变换器的接入导致的短路电流不足，断路器无法跳闸的问题。