本发明公开了一种具有控糖降脂活性的高纯度陈皮黄酮及其制备方法与应用，采用乙醇回流法提取辅以酵母发酵耦合双水相除杂技术制备陈皮黄酮，经过提取、离心抽滤、浓缩冻干、酵母发酵、离心浓缩、双水相萃取、醇沉、离心、浓缩冻干工艺制备而成。本发明制备工艺简单，能够同时富集二氢黄酮和多甲氧基黄酮，制得的陈皮黄酮纯度高，总黄酮含量≥50％，特征黄酮(橙皮苷、川陈皮素、桔皮素、甜橙黄酮和异甜橙黄酮)总含量≥300mg/g，且具有抑制胰脂肪酶和α‑葡萄糖苷酶的能力，可应用于食品及保健品当中。