本发明涉及船舶压载技术领域，公开了一种船舶压载水处理自控系统，所述自控系统包括有主控系统、水处理系统、警报提示系统和操控面板，所述主控系统、水处理系统、警报提示系统均与操控面板信号连接。本发明通过水处理系统的机械过滤水处理单元和化学水处理药剂添加单元的配合，便于对压载水进行多重过滤和净化，利用压载水过滤器进行过滤清除压载水中的固体颗粒，并通过生物反应器对污染物进行分解，抑制压载水中微生物的生长，通过化学水处理药剂添加单元进行添加药剂，杀灭压载水中的病毒、细菌、原生动物、真菌和藻类，提高压载水的水质，避免对海洋生态系统造成破坏。