本发明公开了一种湖清淤后剩余底泥生态系统的快速构建及评价方法，先向清淤后的剩余底泥中投加生物炭，然后种植沉水植物，投加底栖动物；定期取样检测沉水植物、底栖动物的生长情况，检测上覆水体的水质参数和底泥参数；确定建的底泥生态系统的功能性系数，评价生态系统的修复情况。本发明利用沉水植物、底栖动物和生物炭快速构建底泥生态系统，通过将底泥污染物削减、底泥污染物向上覆水体扩散、底泥微生物多样性、底栖动物和沉水植物长势五个方面的影响量化确定所构建的生态系统的可靠性。结果表明，本发明实现了河湖清淤后底泥生态系统的快速构建，有效削减底泥污染物，显著减缓底泥污染物向上覆水体扩散，提高了底泥微生物群落多样性。