本发明公开一种基于无人船的强潮海域冲刷监测方法及系统，包括选取流速较小的低平潮或者高平潮期间；无人船下水前的准备，包括将控制手柄或者手提电脑连接无人船进行调试，预设无人船的行走路线；在流速较小的低平潮或者高平潮期间进行无人船下水；无人船水面冲刷监测，并记录冲刷监测数据；无人船回收；对获得的冲刷监测数据进行提取及处理，获得全路线各监测点的冲刷监测图；本发明监测方法及系统既能生成冲刷监测点冲刷数据，又能生成测量全路线水深与泥面高程云图和地形图，还可得到全路线冲刷云图与地形图，因而能够直观得到该水域整体与局部冲刷情况。