本发明公开了一种流域汛期分期划分方法、系统、电子设备及存储介质，包括以下步骤：获取流域数据资料，进行数据预处理，得到年序列数据；对年年序列数据进行拟合，得到阈值回归模型；基于建立的阈值回归模型，进行迭代率定得到阈值点；在步骤3的基础上，采用自采样方法对阈值回归模型进行多次独立拟合，确定最佳阈值点；根据步骤4得到的最佳阈值点以及年序列数据的序列起始日，完成前后汛期的划分。本发明不仅能够减小划分汛期时人为主观因素所引起的误差，同时能应用于数据不连续的缺测、漏测地区，实现误差更小、分期更准确、应用更广泛的汛期分期过程。