本发明涉及电力存储技术领域，公开了水系钠离子电池储能系统、控制方法和存储介质。前述系统包括：水系钠离子电池组，水系钠离子电池组包括：直流‑直流变压器、第一开关、第二开关和多个水系钠离子电池；储能变流器，与水系钠离子电池组中开关的一端连接；能量管理系统，用于控制水系钠离子电池组中的开关，能量管理系统基于控制开关，控制多个水系钠离子电池直接接入储能变流器，或者，控制多个水系钠离子电池经过直流‑直流变压器转换电压后接入储能变流器；其中，直流‑直流变压器的一端与多个水系钠离子电池连接，直流‑直流变压器的另一端与第一开关的另一端连接，多个水系钠离子电池还与第二开关的另一端连接。