本发明公开了一种基于双层迭代的严寒地区新能源与灵活煤电协同规划方法及系统，方法包括：S1、创建严寒地区对应的灵活性资源与新能源协同规划模型的上层规划模型的目标函数；S2、设置所述上层规划约束条件，在所述上层规划约束条件的约束下，基于典型日集合以及上层规划模型的目标函数，形成相应的典型日规划设计方案，S3、创建严寒地区对应的灵活性资源与新能源协同规划模型的下层运行模拟模型的目标函数；S4、设置所述下层运行模拟约束条件，在所述下层规划约束条件的约束下，基于所述典型日规划设计方案以及所述下层运行模拟模型的目标函数，进行全年逐小时实际生产模拟进而获得实际生产模拟数据即初始运行结果；S5、创建双层迭代策略，根据初始运行结果以及所述双层迭代策略获取典型日集合修正方案，并基于所述典型日集合修正方案对步骤S2所形成的典型日集合进行修正，进而获得满足修正指标要求的严寒地区新能源与灵活煤电协同规划方案。本发明解决了传统技术面向严寒地区电热综合能源系统电‑热协同规划的无有效方案的研究空白。