本发明公开了一种孤网控制方法与系统，包括：系统状态处理模块采集输电变电站到主网的线路与主变的模拟量、开关量，并以此判断输电变电站到主网的线路与主变运行状态及跳闸情况，并将其汇集至主站，以判断局部电网状态；机组状态处理模块采集电厂执行站的机组模拟量，并以此判断机组跳闸、计算机组出力以及向上可调节量、向下可调节量以及出力降低情况；负荷状态处理模块采集负荷执行站的负荷模拟量，并以此判断负荷跳闸、负荷变化情况；综合处理模块在判断出局部电网处于跳闸后局部孤网状态时，综合机组状态、负荷状态变化并结合孤网频率变化率采取切机或切负荷措施。本发明可提高孤网控制的可靠性，降低孤网频率大幅波动甚至失稳的概率。