本发明公开了一种用于电渗析膜污染的智能控制方法及系统，方法步骤如下：设备运行后，电渗析系统开始定时并获取系统运行参数；对首次获取的Ai、PDi、PCi赋值为A0、PD0、PC0，对CX初始赋值为0；根据进水含盐量Ci，计算电渗析系统的单位时间处理量；通过控制逻辑按照单位时间处理量与满负荷设计处理量的比值对进水泵频率、气动阀组开度进行调节；系统运行过程中不断记录Ai、PDi、PCi，并与A0、PD0、PC0进行比较，根据比较结果选择执行启动倒极程序，或启动冲洗程序，或启动清洗程序。本发明能减少化学清洗频次，节约清洗药剂消耗量，提高电渗析膜系统运行稳定性，延长电渗析膜使用寿命。