一种提高堆肥消减抗生素、钝化重金属及减少氮损失的堆肥方法，它涉及堆肥领域，本发明要解决目前无法有效解决畜禽粪便堆肥中抗生素、重金属污染，并减少氮损失的问题，本发明将畜禽粪便与农作物秸秆混合后，分批次加入抗生素、重金属钝化辅助剂，并加入堆肥调节剂，调整含水率、C/N后，进行堆肥，再堆肥期间进行温度控制，进行堆肥发酵处理。抗生素、重金属钝化辅助剂是由碳化木质素磺酸钠、介孔纳米二氧化硅和赤泥组成。本发明的方案能够降低畜禽粪便堆肥的环境污染，提升了畜禽粪便堆肥的应用前景。