本发明涉及一种混凝土模块结构体系及其施工方法，其中混凝土模块结构体系，包括至少一个由多个混凝土模块上至下堆叠形成的模块组和至少一对抽芯式剪力墙；所述混凝土模块的形状为长方体，所述模块组中上下相邻的所述混凝土模块一一对齐，所述模块组的四个竖向棱边处对应四个立柱区域；每对所述抽芯式剪力墙在所述混凝土模块结构体系内关于所述混凝土模块结构体系的水平中线对称设置，其中，所述抽芯式剪力墙内嵌设置在一个所述模块组的侧面上，且所述抽芯式剪力墙包含其所在的所述模块组的至少一个所述立柱区域。其有益效果是，该混凝土模块结构体系施工操作简单，结构体系力学性能能够达到等同现浇建筑结构的力学性能标准。