本发明公开了一种无人机自动出入库的控制方法及系统，方法包括：根据无人机机库尺寸信息以及无人机吞吐率选择无人机存取模型，所述无人机存取模型的类型包括随机存储模型、第一分级存储模型和第二分级存储模型；将无人机机库划分为多个存储区域；由选定的无人机存取模型根据无人机的吞吐率选定存储区域，按照接收无人机存取指令的时间顺序，控制无人机存取装置执行无人机出入库动作；通过选定不同的无人机存取模型，以提高无人机出入库控制方法的适用性和工作效率。