本发明公开了一种变电站建筑物在极端天气下的水动力影响预测方法和系统，包括：获取变电站所处地形、建筑结构数据；采用固壁边界法，将变电站建筑物区域设定为无效网络，构建变电站建筑物区域的固壁边界；基于所述变电站所处地形、建筑结构数据和固壁边界，通过不可压缩内维尔斯托克斯方程沿水深平均简化，构建水动力影响预测模型；通过变电站历史洪水事件数据，对所述水动力影响预测模型进行训练和测试；所述水动力影响预测模型，模拟在极端天气下洪水对变电站建筑物的危害，并对危害等级进行预测。能够提前发现潜在风险，减少灾害损失，提高变电站的安全运行水平。