本发明公开了一种考虑功率波动的新能源场站动态无功储备目标分配方法及系统，涉及电力系统自动化技术领域，方法包括：调度主站AVC统计区域的动态无功储备量，优化计算得到区域动态无功储备目标值，并按照设定的分配原则计算分配给新能源场站的动态无功储备目标上下限值；AVC主站通过预测信息，评估功率波动带来的电压概率区间，修正新能源场站动态无功储备目标上下限值，优化动态无功储备分布，下发给新能源场站的AVC子站进行无功调节。本发明保留了合理的动态无功储备，提高了各新能源场站应对功率波动等扰动异常情况能力，实现新能源的稳定并网发电及安全消纳。