本发明公开了催化根皮素生成根皮苷的蛋白质及其编码基因与应用。解决的技术问题是催化根皮素生成根皮苷。具体公开了蛋白质在下述任一种的应用：A1)催化根皮素生成根皮苷和/或制备催化根皮素生成根皮苷的产品；A2)生产根皮苷和/或制备生产根皮苷的产品；所述蛋白质为如下任一种：B1)氨基酸序列是序列2第423‑902位或序列2所述的蛋白质；B2)将B1)所述蛋白质的经过氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与B1)所示的蛋白质具有80％以上的同一性且相同功能的蛋白质；B3)将B1)或B2)的N末端或/和C末端连接蛋白质标签得到的融合蛋白质。将所述蛋白质在体外表达，再将其与根皮素反应，可生成根皮苷，可用于根皮苷的工业生产。