本发明公开了一种水轮发电机组的疲劳损伤预测方法及系统，涉及数据处理技术领域，该方法包括：获取水轮发电机组中的顶盖固定组件；进行多维度运行监测和分析得到预测水压力，并结合预紧力数据得到螺栓的第一疲劳损伤预测约束；组建水轮发电机组的运行日志记录，分析得到多个固定导叶的第二疲劳损伤预测约束；对第一疲劳损伤预测约束与第二疲劳损伤预测约束进行分析，得到疲劳损伤预测结果。本发明解决了现有技术中传统水轮发电机组螺栓组件的疲劳损伤预测依赖于经验公式和专家判断，可靠性和精准度低的技术问题，达到了提高水轮发电机组螺栓组件的疲劳损伤预测的智能化水平和可靠性，并进行疲劳部件精准定位的技术效果。