本申请公开了利用低品位磷矿及浮选尾矿制备水稻专用肥的方法，包括以下步骤：将粉碎过筛后的35‑45质量份数的浮选尾矿、55‑65质量份数的低品位磷矿与助熔剂混合，并在1440℃‑1500℃下高温活化5‑10min得到热法活化产品；将所述热法活化产品与氮肥、磷肥、钾肥以及中微量元素称量混合均匀，得到混合物料；将所述混合物料进行造粒，并干燥冷却以及筛分后即得水稻专用肥。本申请以新型高活性热法肥料为基础原料的多元素水稻专用肥，适应农业绿色发展和作物需求，实现低品位磷矿、浮选尾矿及擦洗矿的绿色全量资源化利用。