本发明涉及一种中子探测器内部结构检测方法、系统和电子设备，包括以下步骤：获取待检探测器的外观图像；基于待检探测器的外观图像对待检探测器进行外观检测，并判断待检探测器是否存在外观缺陷；若无，则采用微焦点X射线机和预设IP板对待检探测器进行透照；在完成透照后，对待检探测器进行图像采集，获得待检探测器的采集图像；基于采集图像对待检探测器的内部结构进行检测评估。本发明使用微焦点X射线源对RIC中子通量探测器的内部结构进行检测，不需要拆除被检探测器的外壳，可走出显示探测器内部结构，曝光时间短，检测效率高，图像分辨率高。