本申请提供一种矩阵运算系统、矩阵运算方法、卫星导航方法及存储介质，涉及定位导航技术领域。该系统包括：矩阵运算加速器、总线、处理器和设置在矩阵运算加速器内部的内部存储器；总线连接矩阵运算加速器和处理器；矩阵运算加速器中设置有浮点运算单元阵列；处理器用于下发需要执行的目标任务以供矩阵运算加速器进行处理；矩阵运算加速器用于基于浮点运算单元阵列对目标任务的目标矩阵进行流水计算，得到计算数据。通过矩阵运算加速器中设置的浮点运算单元阵列对矩阵运算任务进行流水计算，并将各阶段的数据分别存储在对应的内部存储器中，能够降低矩阵运算的成本，提高矩阵运算的效率，从而提高定位导航系统的工作效率。