本发明涉及计算机技术领域，尤其涉及一种制药行业批次控制系统与电子批记录系统结合使用的方法，包括：数据同步模块对Batch系统和EBR系统中的基础数据按照预设规则进行数据同步，在进行数据同步的过程中，校验每条数据，对校验出有错误的数据进行调整，直至数据同步完成；根据用户下发的工单和配置的工艺流程参数，Batch系统生成可执行的任务序列，在EBR系统中为Batch系统中的每一任务阶段绑定预设的可执行批记录模板；根据Batch系统的可执行的任务序列，Batch系统控制药品的批次生产，根据所述可执行批记录模板，EBR系统记录药品批次生产中每一任务阶段的操作，并生成完整的批记录。该方法提供了EBR系统与Batch系统之间的灵活使用方式，可高度定制电子批记录功能。