本发明提供了一种考虑多利益主体的原水水库群综合效益分配方法，属于水资源利用领域。所要解决的技术问题是：在原水水库群优先满足用水单元需水量、其次实现水库群综合效益最大化的基础上，针对原水水库群很少考虑单个水库对于单个梯级水库的实际贡献作用，以及单个梯级水库对整个梯级水库群综合效益补偿研究较少的问题。本发明在优先考虑水库供水保证率的前提下，同时兼顾水库的供水、发电产生的综合效益；采用夏普利值法、效益增量法计算各个梯级、单个水库的综合效益，可以量化单个梯级水库的实际贡献作用、单个梯级水库对于整个梯级水库群的综合效益补偿。从而提高多水库联合调度的积极性，进而有助于提升整个流域梯级开发的综合效益。