本发明公开了一种多模态医学图像分割系统，属于医学图像分割技术领域。系统包括：图像生成模块以及分割模块；所述图像生成模块用于对非配对图像进行跨模态图像生成，得到生成图像；将得到的所述生成图像通过对比学习，得到配准图像；所述分割模块用于采用分割模型对输入的所述配准图像与源图像进行分割操作，得到分割图像。本发明为了解决传统静态权重分配方法在动态环境中缺乏灵活性，无法在整个训练过程中自适应调整以反映任务重要性变化的问题，提出了一种动态权重控制机制。