本发明公开了一种页岩气管道微生物内腐蚀速率预测方法，属于天然气管道技术领域，包括：S1、分析并初筛管道以微生物为主因腐蚀的相关因素；S2、对相关因素筛选腐蚀主控因子；S3、基于筛选的腐蚀主控因子，构建并训练多因素腐蚀速率预测模型；S4、对构建的多因素腐蚀速率预测模型进行修正，并利用修正的多因素腐蚀速率预测模型进行管道微生物内腐蚀速率预测。本发明方法考虑了微生物腐蚀的多因素影响性，建立的预测模型可结合现场数据自适应不同管道，为微生物腐蚀为主因的页岩气管道提供了一种有效的可操作的腐蚀速率预测方法。