本发明公开了一种含混合储能单元的光伏发电协同运行控制方法，涉及混合储能功率控制技术领域，包括以下步骤：输出混合储能单元功率；采用内积变换滤波算法对混合储能单元功率进行功率分频处理，得到功率低速变化信号和功率高速变化信号；将功率低速变化信号和功率高速变化信号分别送至蓄电池控制器和超级电容控制器实现功率控制。本申请通过采用内积变换滤波算法对混合储能单元功率进行功率分频处理，其中选择结构元素对内积变换子区带进行处理，提高了滤波效果，进而提高了功率控制精度，采用内外层嵌套优化算法对内积变换1‑D门限准则的内部参数进行优化，提高了功率分频处理效果。