本发明公开了适用于多物种降脂降血糖去势的新型疫苗、制备方法及其应用，针对多物种FSHβ亚基的特异片段设计，涉及猪、牛、羊、羊驼、马的YETVKVPGCAHHADSL片段，犬、貂的YETVRVPGCARHADSL片段，猪、牛、羊、羊驼、猫、兔、鼠的YPVATECHCGK片段，人、猪、牛、羊、羊驼、犬、大熊猫、兔、鼠的CDSDSTDCTVRGLGP，猫、虎、狮子的CDSDSTDCTVQGLGP片段其中一个或多种组合，及其任意一段同源性>70％以上的序列。本发明优点：蛋白疫苗能有效应用于治疗因卵巢功能失调所引起的肥胖症、高血脂症、糖尿病等疾病，具有宠物和动物绝育作用，可以治疗绝经期后妇女或做过绝育手术或去势手术的动物和宠物，以及因卵巢功能失调引起的肥胖症、高血脂症、高血糖等疾病的新型蛋白疫苗，具有很好的推广前景和医学经济价值。