本发明公开了一种长效抗菌除味丝素蛋白微球的制备方法，包括以下步骤：S1、制备丝素蛋白溶液；S2、配置主要组分为抗菌有机酸和/或酸盐、无机氯盐和第一溶剂的第一抗菌液；S3、配置主要组分为除味高级醇和第二溶剂的除味液；S4、将丝素蛋白溶液滴加入第一抗菌液，经混合、静置、离心、弃去上清液；S5、将除味液滴加入S4所得离心沉淀物，经混合、静置、离心、弃去上清液、冷冻干燥，得抗菌除味丝素蛋白微球；S6、长效抗菌剂处理抗菌除味丝素蛋白微球，得长效抗菌除味丝素蛋白微球。微球表层分布有纳米孔洞，具有较高的包封率，有利于抗菌剂和除味剂的缓慢长效释放，提高织物的抗菌除味耐久性。