本发明公开了一种高硝态氮菌种的选育扩培的方法，包括以下步骤：（1）制备以硫单质为主要成分的填料，将其填装到立柱中；（2）采集含有菌株的样品，将其添加到上述立柱中，通入高硝态氮废水，培养，检测污水中总氮含量；（3）选取污水总氮降解率大于90%对应的样品，在避光、恒温条件下，利用培养基进行分离筛选，得到最终纯化的菌株。与现有技术相比，本发明方法采用特定的填料对含有菌株的样本进行初步筛选，该填料有助于筛选驯化菌种，也为筛选菌株验证效果提供了极大的便利。之后再利用筛选培养基进行不断筛选纯化，明显提升了筛选效率，大大提高了菌种筛选成功率。