本发明公开了一种嘉兰染色体核型的分析方法，具体包括以下步骤：(1)根尖处理；(2)染色体制片；(3)荧光原位杂交：①染色体检查；②染色体变性；③梯度脱水；④探针变性；⑤探针杂交；⑥洗脱；⑦信号检测与图像获取；⑧回收；⑨图像处理；(4)核型分析。本发明首次利用4种寡核苷酸探针(5S rDNA、45S rDNA、(AG3T3)3和拟南芥类型端粒重复序列)来构建嘉兰FISH核型，对嘉兰染色体的核型细节进行了分析，最终确定了嘉兰染色体组中rDNA和端粒重复的数量和位置，揭示了每条染色体末端的结构完整性等。