本发明公开了一种在微服务架构下的应用健康度感知评分方法及系统，包括：通过微服务健康度及综合分析模块收集多云环境和容器的相关信息，分析应用提供的综合需求，并对微服务实例节点打分；微服务拓扑分析模块通过力导向布局算法，生成服务之间的调用关系图，展示服务的故障；故障分析定位模块计算告警关联资源的性能数据，分析故障告警影响程度；微服务故障根因推荐功能模块根据报障信息和调用链数据，结合所有信息定位故障根因并提供根因故障的嫌疑人。实现了直观展示服务的故障情况，提升故障诊断效率和准确性的有益效果，缩短了故障处理时间，减少了因故障造成的业务中断。具有显著的创新性和实用价值。