本申请公开了一种隔离结构形成方法、半导体器件制备方法以及半导体器件，涉及半导体制备技术领域。该方法包括：在晶圆的正面刻蚀中等深度隔离沟道；通过炉管工艺在中等深度隔离沟道中沉积多晶硅以及在晶圆的背面形成多晶硅膜层；清除晶圆的背面的多晶硅膜层；通过炉管工艺在晶圆的正面和背面生长氮化硅膜层；在晶圆的正面刻蚀深沟隔离沟道；在深沟隔离沟道中生长氧化层。通过上述技术手段，解决了现有技术中晶圆表面的氮化硅膜层会出现坍塌的问题，以提高半导体器件的性能和良率。