本发明涉及微网调节技术领域，公开了一种多源荷直流微网的谐波功率补偿方法及系统，本方法通过实时获取直流母线的多个交流负荷侧的负荷总功率，提取负荷总功率的谐波功率分量，并确定谐波电流补偿指令，通过给定的谐波补偿电流指令对谐波电流补偿指令补偿后，利用动态跟踪算法对补偿得到的直流侧谐波补偿指令进行跟踪处理，使直流侧谐波补偿指令动态跟随所述谐波电流补偿指令的变化，并输出PWM指令，实现对有源功率滤波器的开关动作的控制，从而实现了直流侧谐波补偿指令的快速生成，并对直流侧谐波补偿指令动态跟踪补偿，从而可以更有效地消除直流微网架构下的母线电压谐波波动，提高直流微网电能质量。