本发明公开了一种模块化多电平换流器的子模块过压抑制方法和系统，涉及直流输电技术领域。该子模块过压抑制方法基于模块化多电平换流器的运行数据进行双环解耦控制并进行三相坐标变换，生成三相调制比；未出现子模块过压时，采用三相调制比对模块化多电平换流器内的桥臂的调制波进行调制，生成桥臂调制数据；出现子模块过压时，基于子模块运行电压进行调制波调节系数计算，生成调制波调节系数；采用三相调制比和调制波调节系数对模块化多电平换流器内的桥臂的调制波进行调制，通过调制信号对模块化多电平换流器内的子模块进行过压抑制。本发明无需进行控制切换，便可及时投入相应的子模块，实现子模块过压抑制，在实现控制效果的同时稳定性好。