本发明公开了一种电池簇串并联均衡储能系统及其控制方法，该系统包括：两组电池簇、一个低压直流母线电容、多个电力电子半桥单元、多个支路电感和多个直流开关；每个电力电子半桥单元与低压直流母线电容并联，并在输出端串联一个支路电感和一个直流开关之后作为一个均流支路；第一组多个电池簇的负极分别与第一组多个均流支路相连，对应正极联结在一起构成中压直流母线的正极，第二组多个电池簇的正极分别与第二组多个均流支路相连，对应负极联结在一起作为中压直流母线的负极。本发明通过采用共低压直流母线的低压小功率半桥电路简化了电路，同时省去外部供电电源，进一步降低了系统成本提高了效率。