本发明公开了一种调控菊花开花的CmPRR3基因及其应用，属于植物基因工程技术领域。该CmPRR3基因的编码区核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。本发明公开了菊花CmPRR3基因序列及其所编码的氨基酸序列，该基因在菊花中调控开花的功能和应用为首次报道。qPCR分析结果表明，该基因受短日照诱导显著上调表达；构建超表达载体和人工干扰载体后通过农杆菌转化菊花，对转基因植株进行鉴定，CmPRR3超量表达转基因菊花株系花期显著推迟，CmPRR3的人工干扰转基因菊花株系提前开花。本发明为菊花早花品种的培育提供了宝贵的基因资源，对解析菊花光周期调控开花的分子机制具有重要意义。