本发明公开了一种含煤废水处理系统和处理方法，所述系统包括管道混合器、第一加药装置、活化反应器、第二加药装置、成核反应器、折板絮凝池、平流沉淀池、清水池、浸没式超滤装置、超滤产水水箱、纳滤装置、纳滤浓水水箱、反渗透装置。本发明在原有低品质回用的基础上，增加了浸没式超滤和反渗透的高品质水回用处理旁路。由于前端“活化+混凝+澄清”的预处理出水水质好，后续高品质水回用处理采用浸没式超滤处理作为反渗透的预处理，一方面省去了传统多介质过滤，投资低且维护简便；另一方面浸没式超滤的堵塞问题小，维护费用低。本发明具有处理效率高、污泥沉降性能好、出水效果稳定、操作管理简单的优点。