本发明涉及核电运行领域，尤其涉及一种核电厂辅助给水箱补充合格除氧水的装置及方法。所述方法为：两组辅助给水箱的相关补水管道及阀门互为备用，正常补水时，每组辅助给水箱由其对应的补水管道进行，远传液位监测集液位信号，根据其所在的辅助给水箱内的液位，控制自动补水阀的开关，对辅助给水箱进行补水操作及液位控制；当一组辅助给水箱的对应补水管道无法进行补水时，从另外一辅助给水箱的补水管路，调用凝结水，远传液位计监测液位信号，根据其所在的辅助给水箱内的液位，对本组辅助给水箱进行补水操作及液位控制；进行补水时，在线监控自动补水阀后的水质参数，当水质参数超时，自动发出指令关闭自动补水阀，立即截断补水；当无法实现自动补水时，利用手动方式进行补水。本发明能够实现辅助给水系统水箱的补水，自动阻断不合格水质补水，减轻人工监视其液位并人工补水的负担。