本发明公开了一种适用于水产品冷链物流保鲜的微环境调控系统，包括冷链控温平台，所述冷链控温平台包括温度监测单元、温差比对单元、制冷控制单元和冷链整理单元，本发明涉及冷链环境调控技术领域。该适用于水产品冷链物流保鲜的微环境调控系统，通过在冷链车厢所有内壁上布设温度监测器和制冷输出端口，实现对冷链车厢所有内壁的制冷控制及温度监测，并且通过对应内壁温度的检测结果，判断冷链运输产品的内部温度，结合与产品所需标准温度的比对结果对制冷输出端口进行目标制冷时长的控制，这样不仅可以保证产品运输质量，还可以有效降低冷链车辆的耗能，为水产品提供节能且高质量的冷链运输条件。