本发明的实施例提供了一种微小动物专用内窥成像系统及使用方法，涉及医疗器械技术领域。该微小动物专用内窥成像系统包括内窥镜手柄、数据交换模块、光源模块、气源模块以及控制器，所述内窥镜手柄用于在内腔中数据信息采集，所述数据交换模块和所述内窥镜手柄连接，数据交换模块用于接收内窥镜手柄采集的数据信息，用于照明，控制器同时和内窥镜手柄、光源模块、气源模块以及数据交换模块电连接，控制器用于控制气源模块朝向内腔通气，从而将内腔撑开，且控制器用于接收数据交换模块传输的数据信息。该微小动物专用内窥成像系统通过控制器实现对内窥镜手柄、气源模块、光源模块以及数据交换模块的控制，提高了整体自动化，提高使用安全性。