本发明公开了一种高生物基含量的聚氨酯包膜缓释氮肥及其在发酵生产秸秆有机肥中的应用，所述聚氨酯包膜缓释氮肥，包括肥料核芯，以及喷涂在肥料核芯表面的聚氨酯包膜材料；所述聚氨酯包膜材料由多元醇、生物源异氰酸酯和石化源异氰酸酯反应得到。本发明采用缓释氮肥发酵生产秸秆有机肥逐步释放氮素，提供持续的营养供给，有利于微生物的稳定和持续活动，能减少氮素的挥发和流失，提高氮素利用率，从而提升堆肥的氮含量和整体肥效；并覆盖PTFE疏水透气膜，可以有效控制堆肥过程中的水分蒸发和保持适宜的湿度，有利于微生物的活动和堆肥的正常进行，保持堆肥堆的温度稳定，减少有害气体(如氨气)的排放，同时保留更多的养分在堆肥中。