本发明公开了一种PFC3D中煤系地层及巷道的初始应力生成方法，包括：获取研究区块位置的地应力参数及煤体和岩体对应的宏观基本物理力学参数，并通过PFC3D三轴压缩数值模拟技术进行参数标定；根据煤体和岩体对应的细观力学参数及地层尺寸初步建立PFC3D煤系地层数值模型，并通过墙体伺服进行预压加载；建立PFC3D煤系地层数值模型的FLAC3D模型区域边界，并生成PFC‑FLAC计算的耦合面，设置FLAC3D模型区域边界的煤体和岩体对应的本构模型及材料参数；对FLAC3D模型区域边界的煤体和岩体赋值地应力并设置模型的边界条件，对整个数值模型进行平衡计算生成煤系地层的初始应力，根据巷道尺寸开挖计算求解生成煤巷的三维模型。本发明实现了煤系地层及巷道的初始应力精准生成。