本发明涉及气象预测预警技术领域，具体的说是基于层次融合算法的蓝藻水华气象预测预警方法、系统。蓝藻水华气象预警方法包括如下步骤：S1：采集蓝藻水华的卫星影像数据；S2：对卫星影像数据进行预处理；S3：计算预处理后的每幅卫星影像的归一化植被指数NDVI值，识别蓝藻水华的分布范围；S4：结合卫星影像数据，构建蓝藻水华气象风险指数预测模型；S5：基于蓝藻水华气象风险指数预测模型，融合多种机器学习方法，实现蓝藻水华分布和面积的高精度预测。本发明通过模型输出预测结果，并采用强化学习方法对模型进行训练优化，不仅提高了预测结果的精确度，同时提高了预测流程效率、稳定性和空间效果。